Suite à la tenue d'un séminaire en février 2000, et en dépit de l'engagement des parties en faveur du processus, le HD Centre a décidé, en août de la même année, de ne pas poursuivre son initiative, afin de ne pas interférer avec les négociations politiques qui se tenaient alors à Arusha. 

Du 2 au 4 février 2000, le HD Centre a organisé à Genève un séminaire auquel ont été invités des commandants des groupes d'opposition armés actifs au Burundi, le Gouvernement du Burundi et la communauté internationale humanitaire. Le séminaire avait pour objectifs de lancer un dialogue autour de questions humanitaires, notamment la sécurité des travailleurs humanitaires et leur accès aux populations; de trouver des moyens concrets de garantir cet accès et cette sécurité;  de dispenser un enseignement au droit international humanitaire, notamment dans le domaine de la protection des civils et du respect des règles de guerre; et d'offrir à la communauté internationale un forum où exposer la nature de ses objectifs opérationnels au Burundi.

En octobre 1999, suite à l'assassinat de deux collaborateurs des Nations Unies et de sept de leurs collègues burundais, le HD Centre a été prié par M. Sergio Vieira de Mello, alors Sous-Secrétaire général aux affaires humanitaires et coordonnateur de l'aide humanitaire des Nations Unies, de l'aider à instaurer des voies de communication humanitaires avec les groupes d'opposition armés au Burundi. L'objectif de l'initiative était de souligner l'importance de la recherche d'arrangements avec toutes les parties au conflit afin de garantir l'accès humanitaire ainsi que la sécurité du personnel humanitaire.